Mozart fue iniciado en la logia masónica de Viena el 14 de diciembre de 1784, y en esta ópera hay una importante influencia masónica. Muchas de sus ideas y motivos están impregnados de la filosofía de la Ilustración. Es una de las 5 óperas más representadas en el mundo y varias de sus melodías son tremendamente familiares.
El argumento de la ópera ha sido muy discutido. Mientras que muchos investigadores la ven simplemente como un cuento de hadas, otros la ven llena de simbolismo y referencias a la masonería. En ese sentido, y a pesar de la fuerte influencia de la cultura popular, La Flauta Mágica es la guía de una iniciación masónica según el Rito Zinnendorf.
El tema de la lucha entre la luz y la oscuridad es un símbolo recurrente en las enseñanzas masónicas, lo mismo que el encumbramiento del individuo por encima de cualquier título nobiliario.
Mozart no vive tiempos fáciles. Los constantes problemas económicos, tristeza por el mal estado de salud de su esposa Constanze y la falta de reconocimiento le hacen decaer física y anímicamente. Por entonces, Mozart, a falta de encargos oficiales, componía frecuentemente para amigos y conocidos que le pagaban muy poco o nada. La situación se hacía cada día más desesperanzadora. En ese momento apareció su viejo amigo, el actor y poeta Emanuel Schikaneder. Él estaba buscando una nueva pieza y sabía perfectamente lo que el público quiere: ¡una pieza encantadora de moda en Viena!
Pamina, la hija de la reina de la noche, fue secuestrada por el príncipe Sarastro, el administrador del rey del sol. El bello príncipe Tamino debe de liberarla. Pero no será una tarea fácil. Una serpiente gigante le persigue y él se desmaya. Cuando recobra la conciencia ve que la serpiente está muerta y aparece el cazador de pájaros Papageno. Tamino supone que Papageno ha matado a la serpiente y éste no lo niega. Tres damas le hacen entrega a Tamino de una imagen de Pamina. Él, al verla, se enamora en el acto de ella y le jura a la reina de la noche que la liberará del reino de Sarastro. Papageno deberá acompañarle. Los dos reciben una flauta que amansa a los animales salvajes y también un carrillón para protegerse y se ponen en camino hacia el castillo de Sarastro.
Sarastro aclara que él ha secuestrado a Pamina solamente para protegerla de la que considera malvada reina de la noche. Tamino y Pamina están destinados el uno para el otro. Sarastro quiere que Tamino sea ordenado como sacerdote del templo de la sabiduría, pero antes de eso tendrán que superar toda clase de pruebas. Finalmente, atraviesan corriendo “las puertas del horror”, tienen que superar el fuego y el agua y son acogidos en el círculo de los “iniciados”. También Papageno encuentra la suerte en el amor. Es llevado con Papagena y los dos serán una pareja de amantes. ¿Y la reina de la noche? Ella fue aniquilada cuando intentaba destruir el templo de Sarastro. “Los rayos del sol expulsan a la noche…”
